No final do século XIX, a área do Parque Estadual das Fontes do Ipiranga era uma vasta região com mata nativa, ocupada por sitiantes e chacareiros. Por ordem do governo as desapropriações na área vinham ocorrendo desde 1893 visando a recuperação da floresta, a utilização dos recursos hídricos e a preservação das nascentes do Riacho do Ipiranga.
Em 1917 a região tornou-se propriedade do Governo, passando a denominar-se Parque do Estado. Neste mesmo ano o naturalista Frederico Carlos Hoehne foi convidado para implantar um Horto Botânico na região.
O Jardim Botânico de São Paulo foi oficializado em 1938 com a criação do Departamento de Botânica, na época órgão da Secretaria da Agricultura, Indústria e Comércio de São Paulo. Em 1969 o Parque do Estado, onde o Instituto de Botânica está localizado, passou a denominar-se Parque Estadual das Fontes do Ipiranga e conserva vasto acervo de espécies nativas, algumas em risco de extinção. Oferece uma rica experiência sensorial aos alunos, já que entrarão em contato com uma grande variedade de plantas.